O Porto de Hersonissos funciona como uma marina ativa desde que os comerciantes minoanos ancoraram no seu porto natural há três milênios. Os piers de concreto atuais substituíram os cais de pedra originais em 1982, mas a bacia em forma de ferradura ainda abriga a mesma costa norte que os marinheiros da Idade do Bronze mapearam pelas estrelas e correntes. O distrito portuário estende-se ao longo da rua Agias Paraskevis, onde operadoras de aluguel atracam trinta e oito embarcações que variam de infláveis de cinco metros a caíques tradicionais de doze metros. O aluguel de barco em Hersonissos permite que os visitantes cheguem a dezessete enseadas desabitadas entre Stalis e Malia que permanecem inacessíveis por estrada. O promontório oriental esconde três cavernas marinhas — Agios Georgios, Sarantari e a gruta sem nome em 35.3167° N — que abrigam colônias de focas-monge monitoradas pelo Centro Helênico de Pesquisa Marinha. Lanchas de direção própria não exigem licença em águas gregas se o comprimento do casco for inferior a cinco metros e a potência do motor não exceder 30 cavalos, um regulamento codificado no Decreto Presidencial 82/2003. A maioria das embarcações de aluguel enquadra-se nestes parâmetros. Barcos de madeira tradicionais partem do cais oeste do porto, seus cascos construídos em estaleiros de Sitia usando estruturas de pinheiro-de-alepo e tábuas de cipreste. Estas embarcações seguem os mesmos métodos de construção documentados nos registros portuários venezianos do século XV, embora exemplos modernos incorporem reforço de fibra de vidro abaixo da linha d'água. Inserções de fundo de vidro — adaptadas em sete barcos atualmente em operação — permitem a visualização do leito marinho rochoso sem equipamento de snorkel, uma modificação introduzida por operadoras cretenses em 1998. Serviços de jet boat navegam uma rota fixa para o oeste em direção à Ilha de Dia, mantendo distâncias mínimas da zona marinha protegida que se estende por duas milhas náuticas da costa sul da ilhota. As embarcações movidas a diesel atingem velocidades de quarenta e dois nós, cobrindo o trecho de saída de doze quilômetros em dezessete minutos. As partidas matinais entre nove e onze horas beneficiam-se das brisas marítimas que reduzem a altura das ondas para menos de meio metro, condições que o Serviço Hidrográfico da Marinha Helênica registra como ideais para a operação de pequenas embarcações neste setor do Mar de Creta.