Le port de Hersonissos fonctionne comme une marina active depuis que les commerçants minoens ont jeté l'ancre dans son port naturel il y a trois millénaires. Les jetées en béton actuelles ont remplacé les quais en pierre d'origine en 1982, mais le bassin en fer à cheval abrite toujours le même littoral nord que les marins de l'âge du bronze cartographiaient grâce aux étoiles et aux courants. Le quartier du port s'étend le long de la rue Agias Paraskevis, où les loueurs amarrent trente-huit navires allant des pneumatiques de cinq mètres aux caïques traditionnelles de douze mètres. La location de bateaux à Hersonissos permet aux visiteurs d'atteindre dix-sept criques inhabitées entre Stalis et Malia, inaccessibles par la route. Le cap oriental dissimule trois grottes marines—Agios Georgios, Sarantari et la grotte sans nom à 35.3167° N—qui abritent des colonies de phoques moines surveillées par le Centre Hellénique de Recherche Marine. Les bateaux à moteur sans permis ne nécessitent aucune licence dans les eaux grecques si la longueur de la coque est inférieure à cinq mètres et la puissance du moteur ne dépasse pas 30 chevaux, une réglementation codifiée par le décret présidentiel 82/2003. La plupart des embarcations de location entrent dans ces paramètres. Les bateaux en bois traditionnels partent de la jetée ouest du port, leurs coques construites dans les chantiers navals de Sitia en utilisant des structures en pin d'Alep et des planches de cyprès. Ces navires suivent les mêmes méthodes de construction documentées dans les registres portuaires vénitiens du XVe siècle, bien que les modèles modernes intègrent un renforcement en fibre de verre sous la ligne de flottaison. Des inserts à fond vitré—réinstallés sur sept bateaux actuellement en activité—permettent d'observer les fonds marins rocheux sans équipement de plongée, une modification introduite par les opérateurs crétois en 1998. Les jet-boats suivent un itinéraire fixe vers l'ouest en direction de l'île de Dia, en maintenant une distance minimale par rapport à la zone marine protégée qui s'étend sur deux milles marins depuis la rive sud de l'îlot. Les embarcations diesel atteignent des vitesses de quarante-deux nœuds, couvrant le trajet aller de douze kilomètres en dix-sept minutes. Les départs matinaux entre neuf et onze heures bénéficient de brises terrestres qui réduisent la hauteur des vagues à moins d'un demi-mètre, des conditions que le Service Hydrographique de la Marine Hellénique juge optimales pour l'utilisation de petites embarcations dans ce secteur de la mer de Crète.